第二天，艾路德准备进攻铯特凡研究所，在研究所内见到了辅佐官，将其击败后，一直追踪他到一个研究室内，辅佐官见已经没有退路，便从培养容器中放出怪物，试图顽抗。众人将怪物消灭后，救出了被困的村民，也救出了皮。这时候，研究所外突然发出了隆隆的响声，此时会有5分钟的时间供大家逃生，顺原路逃出实验室后，实验室便在爆炸声中化为了灰烬。

　　隔天，艾路德继续率军进攻阿斯特地区，到达的时候却没有发现政府军的踪影。最后大家询问一个老人，并且见到老人的孙子逃到了一间屋子中，众人跟随到屋子里，进去转了一圈没有发现什么，待准备离开的时候却发现门已经被锁上，同时阿伦的妹妹枯斯克出现，要为哥哥报仇。将枯斯克击败后，传来消息说雷各兰尺目前正在拉克伊莫铯，艾路德闻听后让梅丽雅留下等待援兵，自己则前往拉克伊莫铯找雷各兰尺报仇。

　　通过多姆来到拉克伊莫铯，然后北上来到山谷，才发现中了政府军的埋伏。艾路德赶忙退回阿斯特地区，却已经晚了一步，这里已经尸横遍地。艾路德从重伤的士兵那里得知，雷各兰尺已经抓走了梅丽雅……

　　在伊亥伯的外围，西斯见到了好久不见的艾路德和皮，原来他们也是为了救梅丽雅而来的。大家聚在一起，商讨如何攻入伊亥伯。艾见到伊亥伯防守严密，提出用格利特教圣水——圣火令或阿波斯达神典破坏城墙的办法。不过目前阿波斯达圣典有一部分还在贝遏门那里，所以大家决定先到多姆找贝遏门拿到圣典。

　　在多姆前往美若因的路上，大家遇到了格利特教信徒，信徒们将阿波斯达第三卷教给众人，并告知贝遏门在安斯维斯。得知这个消息马上赶往安斯维斯，在经过勾都阿铁桥的时侯，贝遏门主动送上门来拦住了去路。将贝遏门消灭后，便集齐了全部的阿波斯达圣典。可惜好事多磨，在返回伊亥伯的路上，又遇到了强大的进攻型武器——防卫者。将四只防卫者摧毁后，来到伊亥伯，利用阿波斯达举行仪式摧毁了伊亥伯的魔法城墙，成功攻入城内。众人先在一层的一间屋子中拿到要塞的钥匙，用钥匙打开同层的一道门，之后上楼拿到另外一把钥匙，打开一层的门来到大厅，穿过大厅来到另一排房间，拿到钥匙打开同层房门，上到3层消灭敌人拿到教堂的钥匙，回到大厅即可打开大门见到雷各兰尺。众人合力将雷各兰尺击退，救下梅丽雅后继续追击雷各兰尺，并最终在大厅内将雷各兰尺彻底消灭。教堂里，艾用法术治愈梅丽雅的伤势，正当大家准备离开的时侯，六个神秘老人突然出现，向众人袭来。众人力敌不过，只能逃走，可惜没跑多远又被拦住去路。紧要关头，曾经在多姆帮助过艾路德的神秘老人出现，告诉大家在六个老人当中有一个是假的。于是大家仔细观察，发现一个人HP只有450，便对其发动猛烈的进攻，将其消灭后，老人们再也发不出强大的魔法，终于被大家击败。

　　第三章

　　大家已经下定决心，彻底摧毁帝国的政权。经由玛鹿捏向北来到格洛那高原，从高原前往帝国首都坤斯特拉利恩。半路上，大家从火蝙蝠沙格拉手中救出登兹，而后随同登兹来到格洛那高原的小村庄，在这里大家又见到了卡洛特，可是卡洛特当初因为在帕尔国王墓地中为了救出登兹而双目失明，登兹心怀愧疚便与卡洛特结为夫妻，答应照顾她一生一世。在众人的劝说下，登兹最终加入队伍，准备杀掉皇帝报仇。

　　一行人来到坤斯特拉利恩，正见到国王和手下的五星王准备逃离这里。仇人见面分外眼红，可是与五星王交手几回合后，却让他们逃掉了。大家决定继续通过五星城追击。五星城里面比较绕，首先先走到1楼中央大厅，然后通过传送装置传送到2楼，再从东边的门离开即可离开五星城宫。在五星城宫的后面大家见到库斯，库斯建议大家先到伊妃索去看看。于是皮留下来寻找五星王中的毒药王，剩下的人则前往伊妃索。
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伊妃索是一个沙漠中的小镇。在伊妃索的酒店里，众人看到一个酷似席琳的女孩赖拉，赖拉虽然对众人有些印象，可去总也想不起来在那里见过。大家见赖拉不认识自己，于是来到赖拉的家中，从赖拉的父亲那里得知赖拉的确就是席琳，是他从帕尔国王墓地中把席琳救出来的，因为席琳现在的记忆被封印住，所以她不认识大家。于是，艾施法和西斯进入席琳的精神世界，最终帮助席琳回复了部分的记忆。

　　第二天，库斯告诉大家坤斯特拉利恩出了状况，让大家赶快回去。等众人赶到坤斯特拉利恩的时侯，才得知五星王中的雷击王已经杀死了达印皇帝并投降，目前俄喷则和剩下的五星王正躲在别拉得匹阿。于是众人马上赶往别拉得匹阿，在广场中央的水池边找到秘密通道，在地下水路干掉3个五星王，然后从西边墙壁中的暗道离开。刚刚离开地下水路，就听说毒药王那噶世挟持了卡洛特作为人质。众人虽拼劲全力将毒药王消灭掉，可是卡洛特最终也因为身中剧毒离开了人世。

　　大家准备返回坤斯特拉利恩，半路上遇到重伤的士兵，从其口中得知俄喷则目前就在别拉得匹阿，于是众人马上返身赶回别拉得匹阿。当回到别拉得匹阿的时侯，俄喷则已经血洗了这里，众人一拥而上将俄喷则击败，失败后的俄喷则给席琳恢复了所有的记忆，大家从席琳的的记忆中，了解到了这个世界的所有真相……

　　终章

　　伊丽莎白用西斯的肉身进行祭祀，世界随即发生了大灾变，七名天使从天而降，开始惩罚人类……

　　众人退回到坤斯特拉利恩，商讨过后，准备找出元凶伊丽莎白，以阻止世界的毁灭。一行人离开坤斯特拉利恩，来到美若因，想起古代人曾经击败过天使，于是便想出寻找古代人的方舟，利用上面的武器来击败天使的方法。此时建议玩家多转转其他地方，花掉所有钱购买道具，因为这是最后一个机会了。

　　回到坤斯特拉利恩，在大门前的一个老人那里得到玉玺，然后进入坤斯特拉利恩城内，开启机器进入坤斯特拉利恩地下，通过地下通道进入方舟。进入方舟之后，方舟启动升天。众人来到方舟中央的传送点，进入方舟内部。

　　由于电力系统的缺乏，众人需要将每层的电力装置打开，而电力装置又隐藏在每层12个房间其中的一间里，具体位置如下：
　　1层，11点钟位置墙上。
　　2层，7点钟位置。
　　3层，12点钟位置，大包底下。
　　4层，1点钟位置。
　　5层，6点钟位置。此外，在7点钟位置输入密码1201，即可进入13层的引擎房。
　　6层，4点钟位置房间中央。
　　7层，1点钟位置。
　　8层，6点钟位置，跳到最上方。
　　9层，12点钟位置，架子上。
　　10层，5点钟位置，入口处。
　　11层，6点钟位置，悬空的机器上。
　　12层，先开启1点钟位置的补助电源，再开启6点钟方位的主发电机，最后开启4点钟方向的总控制台。
　　13层，如果在5层输入正确密码，就可以进入这一层，得到盖亚理论。
　　(以上虽然给出了具体位置的提示，但还是提醒各位玩家每个房间都走一走，因为这里有很多顶级的装备。)
　　在12层的总控制台，大家看到了一个古代人的日记，可惜并没有找到武器，无奈只好回到入口处。这时伊丽莎白出现了，并且召唤出天使准备攻击众人，危急时刻，西斯得到其母亲、创世之神阿胡拉的力量，击败了天使，伊丽莎白见状只好逃走。
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方舟坠毁到了伊甸，召集好同伴后在东北角的一个入口进入地铁，在里面再次见到龙斯特乐，此时的龙斯特乐已经彻底变成一个怪物，实力也大为增长。众人将龙斯特乐击败后，离开地铁，从立交桥上一直向北，进入另一个地铁，在里面彻底消灭掉龙斯特乐。离开地铁后继续向前，伊丽莎白终于现身，将伊丽莎白消灭后，伊丽莎白变化为一个庞大的怪物，这是最终的战斗了，各位努力吧！